1917年，余云岫寫(xiě)成《靈素商兌》一書(shū)，全書(shū)約2.5萬(wàn)字，是一部全面批判和否定中醫(yī)的奠基著作。
在書(shū)中，余云岫痛批中醫(yī)，他認(rèn)為“不殲《內(nèi)經(jīng)》，無(wú)以絕其禍根”，中醫(yī)學(xué)“是占星術(shù)和不科學(xué)的玄學(xué)”，“中醫(yī)無(wú)明確之實(shí)驗(yàn)，無(wú)鞏固之證據(jù)……不問(wèn)真相是非合不合也……”總之，中醫(yī)被余云岫說(shuō)得一無(wú)是處，甚至被詬為“殺人的禍?zhǔn)?rdquo;。
余云岫甚至主張要“堅(jiān)決消滅中醫(yī)”，“如不消滅中醫(yī)，不但妨礙民族的繁息、民生的改良”，而且國(guó)際地位的“遷善”也無(wú)從談起;“舊醫(yī)一日不除，民眾思想一日不變，新醫(yī)事業(yè)一日不向上，衛(wèi)生行政一日不能進(jìn)展”。
余云岫完全把中醫(yī)當(dāng)成腐朽陳舊的舊醫(yī)學(xué)，必欲取消而后快。他主張禁止一切有關(guān)中醫(yī)的書(shū)刊出版，禁止中醫(yī)辦學(xué)校培養(yǎng)新中醫(yī)。
在從日本回國(guó)后的10多年里，余云岫的名氣并不大。他后來(lái)之所以聲名遠(yuǎn)揚(yáng)，應(yīng)歸結(jié)于一次全國(guó)性的衛(wèi)生會(huì)議。在這次會(huì)議上，當(dāng)局通過(guò)了余云岫提出的著名的“廢止中醫(yī)案”。
1929年2月23日至26日，南京政府衛(wèi)生部在汪精衛(wèi)的授意下召開(kāi)了第一屆中央衛(wèi)生委員會(huì)會(huì)議，與會(huì)者包括褚民誼、顏福慶、伍連德等當(dāng)時(shí)的醫(yī)界名流共14人。余云岫以中華民國(guó)醫(yī)藥學(xué)會(huì)上海分會(huì)會(huì)長(zhǎng)的身份參加了會(huì)議。這次會(huì)議沒(méi)有一位中醫(yī)人士參加。
會(huì)議討論了余云岫起草的《廢止舊醫(yī)以掃除醫(yī)事衛(wèi)生障礙案》。這一提案除了“一個(gè)‘醫(yī)學(xué)外行’次長(zhǎng)和一兩個(gè)參事抱懷疑態(tài)度外，其余是滿場(chǎng)一致通過(guò)”。隨后，該提案寫(xiě)入2月25日的會(huì)議記錄。2月26日，上海《新聞報(bào)》率先將此事公諸于眾。3月2日，余云岫主編的《社會(huì)醫(yī)報(bào)》出版中央衛(wèi)生委員會(huì)特刊，公布“廢止中醫(yī)案”。
此案一出，醫(yī)界鼎沸，全國(guó)震動(dòng)，立即爆發(fā)了中醫(yī)歷史上空前的抗議風(fēng)潮。全國(guó)中醫(yī)界人士群情激憤，成立國(guó)醫(yī)公會(huì)，通電全國(guó)，游行集會(huì)、請(qǐng)?jiān)噶T市。這些平日穿長(zhǎng)袍的中醫(yī)先生們，與當(dāng)年的學(xué)生一樣，走上了街頭，走到國(guó)大會(huì)議的會(huì)場(chǎng)，進(jìn)行靜坐絕食抗議。面對(duì)全國(guó)中醫(yī)界和各界人士的強(qiáng)烈反對(duì)，政府為了息事寧人，不得不取消廢止中醫(yī)的提案。
雖然這次提案最終被取消，但對(duì)中醫(yī)的打擊是巨大的。余云岫對(duì)中醫(yī)基本理論的否定，差不多為當(dāng)時(shí)的輿論界所接受。從這個(gè)意義上講，余云岫還是達(dá)到了一定的目的。因此，20世紀(jì)30年代后的一個(gè)時(shí)期，輕視、歧視、排斥、限制、打擊中醫(yī)的政策和言論不斷出現(xiàn);而另一方面，中醫(yī)藥界人士的集會(huì)、請(qǐng)?jiān)浮⒂涡?、罷市等斗爭(zhēng)，也是此起彼伏。
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