日前，一項(xiàng)刊登在國(guó)際雜志Nature Biotechnology上的研究報(bào)告中，來(lái)自MIT博德研究所等機(jī)構(gòu)的研究人員通過(guò)研究開(kāi)發(fā)了兩種名為MSMuTect和MSMutSig的新型計(jì)算機(jī)工具，這兩種工具或能幫助揭示微衛(wèi)星(microsatellites)序列突變的頻率以及其如何誘發(fā)癌癥。

圖片來(lái)源：Susanna M. Hamilton

微衛(wèi)星是短的DNA串聯(lián)重復(fù)序列，比如TCGTCGTCG或ACACAC序列的重復(fù)等，微衛(wèi)星序列在基因組中非常常見(jiàn)；如今研究人員將微衛(wèi)星序列的遺傳性插入和刪除突變同40多種遺傳性疾病聯(lián)系了起來(lái)，同時(shí)他們還在實(shí)驗(yàn)室中檢測(cè)了特定類型癌癥發(fā)生過(guò)程中所出現(xiàn)的突變是自發(fā)突變還是獲得性的突變（插入和缺失，indels），然而，由于技術(shù)上的限制，研究人員無(wú)法利用基因組測(cè)序來(lái)系統(tǒng)性地對(duì)癌癥相關(guān)的體細(xì)胞微衛(wèi)星插入缺失突變進(jìn)行有效分類。

這項(xiàng)研究中，研究人員通過(guò)聯(lián)合研究開(kāi)發(fā)出了兩種新型的計(jì)算機(jī)工具，其能夠基于對(duì)腫瘤細(xì)胞的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析來(lái)有效檢測(cè)微衛(wèi)星插入缺失突變。這兩種工具能利用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法幫助鑒別微衛(wèi)星突變，同時(shí)還能夠指示擁有較多插入確實(shí)突變的基因。研究者M(jìn)aruvka等人利用6747份腫瘤樣本（代表20種癌癥）的全外顯子組測(cè)序數(shù)據(jù)對(duì)這兩種新型工具進(jìn)行了檢測(cè)，同時(shí)通過(guò)癌癥基因組圖譜與正常的組織進(jìn)行了匹配分析，這兩種工具能夠鑒別出1000多種此前并未被描述的體細(xì)胞微衛(wèi)星插入缺失突變，同時(shí)研究者還在7個(gè)基因中發(fā)現(xiàn)了潛在的促進(jìn)癌癥發(fā)生的突變熱點(diǎn)區(qū)域，其中3個(gè)基因此前并未發(fā)現(xiàn)是癌癥的潛在驅(qū)動(dòng)子。

研究者還發(fā)現(xiàn)，MSMuTect工具能夠根據(jù)微衛(wèi)星序列的不穩(wěn)定性對(duì)腫瘤進(jìn)行準(zhǔn)確分類，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性是患者臨床潛在的一個(gè)重要特性。這兩種新型計(jì)算機(jī)工具的開(kāi)發(fā)擴(kuò)充了研究人員Getz及其同事所開(kāi)發(fā)的序列分析工具包，而這些工具包中的工具能夠檢測(cè)并且描述癌癥測(cè)序數(shù)據(jù)中的體細(xì)胞突變及其它突變，其中包括MutSig和MuTect（對(duì)點(diǎn)突變進(jìn)行特性分析）、MutSigCV（能夠?qū)⒒虮磉_(dá)和其它數(shù)據(jù)合并增加MutSig的準(zhǔn)確率）、ABSOLUTE（測(cè)定腫瘤樣本的純度，并且尋找染色體數(shù)量異常的證據(jù)）、GISTIC（搜尋拷貝數(shù)發(fā)生明顯的基因組區(qū)域）。

原標(biāo)題：Nat Biotechnol：科學(xué)家開(kāi)發(fā)出能從癌癥序列中有效篩選出微衛(wèi)星突變的新型計(jì)算機(jī)分析工具