中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所/馬普計(jì)算生物學(xué)研究所徐書華團(tuán)隊(duì)新近建立的全基因組單核苷酸變異數(shù)據(jù)庫(kù)（PGG.SNV），收集了超過(guò)20萬(wàn)個(gè)基因組，涵蓋了800多個(gè)現(xiàn)存人類族群和來(lái)源于古DNA研究的100多個(gè)已消亡人類族群，有助于更深入解析人類基因組變異的功能、表型效應(yīng)，對(duì)我國(guó)及周邊國(guó)家人群的進(jìn)化遺傳和醫(yī)學(xué)研究具有重要價(jià)值。相關(guān)研究論文日前在線發(fā)表在國(guó)際學(xué)術(shù)刊物《基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)》上。

徐書華團(tuán)隊(duì)通過(guò)全基因組深度測(cè)序技術(shù)，收集、整合公共人類基因組數(shù)據(jù)，獲得2.5億以上人類單核苷酸變異，進(jìn)行了變異頻率、基因多樣性、群體分化、功能效應(yīng)、進(jìn)化保守性、自然選擇信號(hào)、連鎖不平衡等方面的解析和注釋，對(duì)人類孟德爾遺傳疾病關(guān)聯(lián)變異的頻率進(jìn)行了分析。研究發(fā)現(xiàn)，7%的此前報(bào)道的罕見病風(fēng)險(xiǎn)變異在很多人群中處于高頻狀態(tài)，提示疾病分析中突變的稀有性不是確定該變異與疾病關(guān)聯(lián)的金標(biāo)準(zhǔn)；孟德爾疾病突變?cè)诓煌迦褐蓄l率存在差別，表明不同族群的遺傳負(fù)荷存在差異。

研究中，科研人員還將PGG.SNV數(shù)據(jù)庫(kù)與目前廣泛使用的gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了比較，認(rèn)為由西方學(xué)者主導(dǎo)的gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)未能很好地代表人類族群的多樣性。近一半的基因組來(lái)自西方人群，遺傳多樣性最高的非洲人群的基因組僅占9%，缺乏代表性亞洲人群的數(shù)據(jù)。尤其是當(dāng)研究對(duì)象為特定的亞洲人群時(shí)，gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)的實(shí)際應(yīng)用價(jià)值有限。