根據(jù)病史、體征、放射線和心電圖檢查，再結(jié)合心導(dǎo)管檢查和心血管造影，診斷不甚困難。然而確立診斷時，應(yīng)與下列疾病鑒別。
（一） 肺動脈口狹窄
室間隔小缺損，尤其位于室上嵴和肺動脈瓣之間或肺動脈干下者，很易與肺動脈狹窄混淆，特別是瓣膜型狹窄。但后者的震顫和雜音的部位較高，肺動脈瓣區(qū)第二心音減弱，放射線照片顯示肺動脈狹窄后擴張和肺紋理減少。
（二） 房間隔缺損
1. 原發(fā)孔缺損 與室間隔大缺損不容易鑒別，尤其伴有肺動脈高壓者。原發(fā)孔缺損的雜音較 柔和，常是右心室肥大，在伴有二尖瓣分裂的可出現(xiàn)左心室肥大。心電圖常有p-r間期延長，心向量圖額面qrs環(huán)逆鐘向運行，最大向量左偏，環(huán)的主體部移向上向左，有鑒別價值。但最可靠的是心導(dǎo)管檢查，應(yīng)用超聲心動圖檢查也是鑒別診斷意義。對左心室－右心房缺損的鑒別診斷應(yīng)予注意。
2. 繼發(fā)孔缺損 收縮期吹風(fēng)樣雜音較柔軟，部位在胸骨左緣第2肋間，多半無震顫。心電圖示不完全右束支傳導(dǎo)阻滯或右心室肥大，而無左心室肥大，額面qrs環(huán)多為順鐘向運行，主體部向右向下。
（三） 動脈導(dǎo)管未閉
有兩種情況不容易鑒別，一是高位室間隔缺損合并主動脈瓣脫垂和關(guān)閉不全者，易與典型動脈導(dǎo)管未閉混淆。前者雜音為雙期，后者為連續(xù)性；前者主動脈結(jié)不明顯，后者增大。二是動脈導(dǎo)管未閉伴有肺動脈高壓，僅有收縮期震顫和雜音者，與高位室間隔缺損鑒別較為困難。前者脈壓差較大，雜音位置較高，主動脈結(jié)顯著。較可靠的方法是左心室或逆行性主動脈造影。
（四） 主動脈－肺動脈間隔缺損
室間隔缺損伴有主動脈瓣關(guān)閉不全雜音與本病高位缺損主動脈瓣關(guān)閉不全者很容易混淆，采用逆行性主動脈造影加以區(qū)別。
此外，在晚期患者伴有發(fā)紺者，應(yīng)與其他發(fā)紺型心臟病如法洛四聯(lián)癥、大動脈錯位伴有室間隔缺損等先天性畸形相鑒別。主要靠病史、肺動脈瓣區(qū)第二心音的高低、肺紋理多少和心電圖變化等，必要時左右心導(dǎo)管檢查和心血管造影檢查。（實習(xí)編輯：張麗）
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